Το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Κρήτης και Νήσων Αιγαίου 2007-2013 ήταν ένα από τα πέντε Περιφερειακά Επιχειρησιακά Προγράμματα του ΕΣΠΑ 2007-2013. Κάλυπτε τη Χωρική Ενότητα των Περιφερειών Κρήτης, Βορείου Αιγαίου και Νοτίου Αιγαίου, εκ των οποίων οι δύο πρώτες κατατάσσονταν στο Στόχο 1 «Σύγκλιση» και η τρίτη (το Νότιο Αιγαίο) στο Στόχο 2 «Περιφερειακή Ανταγωνιστικότητα και Απασχόληση».

Ο Γενικός Αναπτυξιακός Στόχος / Το Όραμα για τη Χωρική Ενότητα ήταν «Η Ενίσχυση της Ανταγωνιστικότητας και η Ανάδειξη της Ελκυστικότητας της Χωρικής Ενότητας Κρήτης και Νήσων Αιγαίου, σε συνθήκες Αειφόρου Ανάπτυξης».

Το Πρόγραμμα εγκρίθηκε τον Νοέμβριο του 2007 και ο προϋπολογισμός του ανερχόταν σε 1.128 εκ. €, με 279,8 εκ. € να αντιστοιχούν στην Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου.

Το Πρόγραμμα περιλάμβανε 12 Άξονες Προτεραιότητας από τους οποίους στην Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου αντιστοιχούσαν οι παρακάτω 5:

• Υποδομές και Υπηρεσίες Προσπελασιμότητας (40 εκ. €)
• Ψηφιακή Σύγκλιση και Επιχειρηματικότητα (107 εκ. €)
• Αειφόρος Ανάπτυξη και Ποιότητα Ζωής (76,2 εκ. €)
• Χωρική Συνοχή και Συνεργασία (50,6 εκ. €)
• Τεχνική Υποστήριξη για την επιτυχή υλοποίηση του προγράμματος (6 εκ. €)